Научно-исследовательский институт фундаментальных и прикладных исследований (НИИ ФиПИ) является научным структурным подразделением БГУ и решает следующие задачи. Институт начал свою деятельность на основании приказа ректора №1507 от 24 июня 2009 года. Деятельность НИИ регламентируется положением.

В составе Научно-исследовательского института фундаментальных и прикладных исследований действуют научно-исследовательские лаборатории и научно-образовательные центры, в которых выполняются исследования по приоритетным направлениям.

Научно-исследовательские лаборатории

• НИЛ комплексного и функционального анализа
• НИЛ химических соединений и лекарственных средств для экстремальных условий
• НИЛ флористики и геоботаники
• НИЛ информационных технологий в естественных науках
• НИЛ популяционной цитогенетики
• НИЛ  проблем теории и истории государства и права
• НИЛ биоиндикации и биомониторинга
• НИЛ морфофизиологии человека и животных
• НИЛ юрислингвистики
• НИЛ «Физико-химические свойства твердых тел» совместная с ИОФ им. Прохорова РАН
• НИЛ «Кабинет поэтического наследия Ф.И. Тютчева»
• НИЛ проблем уголовного процессе, криминалистики и судебных экспертиз
• НИЛ прикладной психологии
• НИЛ мониторинга сред обитания
• НИЛ электрохимии и физико-химических методов анализа
• НИЛ мониторинга региональных бизнес-процессов
• НИЛ экономической безопасности
  Учебно-исследовательские лаборатории
• НИЛ гигиены труда и профпатологии
• НИЛ психологии проектной деятельности
• НИЛ социологии и социальных технологий
• НИЛ психофизиологических основ здоровья учащихся
  Научно-исследовательские центры
• НИЦ комплексных исследований Среднедеснинского региона совместный с Институтом археологии РАН
• Центр славяноведения
  Научно-образовательные центры
• НОЦ археолого–этнологических исследований
• Инновационный научно-образовательный центр биотехнологий и экологии
• Учебно-исследовательский центр «Брянская физическая лаборатория»
• НОЦ технологии производства и экспертизы продуктов специального назначения
• ИНОЦ компьютерных технологий и автоматизированного конструкторско-технологического проектирования
• НОЦ иностранных языков и переводоведения
  Центры трансфера технологий
• Центр трансфера технологий
• Малые инновационные предприятия
• Региональное отделение объединенного фонда электронных ресурсов «Наука и образование» (РО ОФЭРНиО Брянск 2)